"Tudo" que acontece antes da fervura não tem problema nenhum, pois o mosto ainda irá ferver durante 1 hora, pelo menos.
Só para se ter uma idéia, a legislação brasileira exige no preparo de alimentos, que todas as partes do alimento alcancem uma temperatura de 74°C ou uma combinação de temperaturas e tempos como 70ºC por 2 minutos ou 65ºC por 15 minutos. Acima de 74°C , como ao exemplo de uma fervura de 1 hora (entre 96°C a 100°C), nada sobrevive, nem mesmo espóros de bacterias ou fungos.
Ou seja, mesmo que sua Bag esteja completamente contaminada com salmonela, cólera, e-coli, etc, durante a mostura (>65°C durante >15min), o mosto e a bag serão esterilizados e, caso não tenham sido e o mosto se contaminou, depois da mostura durante uma fervura de 1h hora, o mosto voltará a ser completamente esterilizado.
O único mal ao meu ver, é que você vai mosturar grãos sem açucar e possívelmente azedados, mas, por razão da quantidade ser mínima em comparação com os grãos do mosto, não acho que isso vai mudar nem a cor, nem o sabor da receita.
"7.21. O tratamento térmico deve garantir que todas as partes dos alimentos atinjam a temperatura mínima de 74°C. Temperaturas inferiores podem ser utilizadas no tratamento térmico, desde que as combinações de temperatura e tempo sejam suficientes para assegurar a qualidade higiênico-sanitária dos alimentos, como 70ºC por 2 minutos ou 65ºC por 15 minutos.
7.22. O resfriamento do alimento preparado deve ser realizado de forma a minimizar os riscos de contaminação cruzada e de multiplicação microbiana. A temperatura do alimento preparado deve ser reduzida de 60°C a 10ºC em até duas horas. Em seguida, o alimento preparado deve ser mantido em equipamentos de refrigeração, resfriado ou congelado." Portaria 2619/2011
Referência: Portaria 2619/2011,
http://crn3.org.br/legislacao/doc/portaria_2619_1323696514.pdf