Cara, se ela está contaminada, quer dizer que seu fermento perdeu a batalha pras bactérias... você vai querer forçar esse fermento a tentar novamente depois de todo stress que ele deve ter passado (pH baixo por exemplo)?
Esse fermento tem que ir direto pra pia mesmo. As bactérias continuarão lá, e para você conseguir esterilizar esse meio, a levedura vai embora junto.