Salve, Vitor. Eu venho me fazendo essa pergunta já faz um tempo. Uso sempre gelatina na clarificação, na proporção de 1g/l, e tenho reaproveitado a lama para propagações subsequentes.
Nunca tive problemas com fermentações que pararam (stuck fermentation.), mas alguns lotes não atenuaram o que eu esperava -- embora nada muito drástico, diferenças de 1 a 2 pontos de gravidade. Alguns lotes não ficaram com perfil aromático e de sabor esperados para aquela levedura, nada grave, no entanto. Outras fermentações foram perfeitas, sem lag fase longa e completamente atenuadas em 3, 4 dias.
Enfim, não tenho dados suficientes para dizer nada com certeza. Teoricamente, eu diria que a gelatina está aprisionando uma parte da levedura que estava em suspensão na maturação, mas não toda. No meu processo, quase sempre no fundo do fermentador forma-se uma camada relativamente rígida, pregando o particulado mais pesado no fundo do balde, o que confere um aproveitamento fantástico do volume do fermentador. Quando eu quero recolher, jogo um poco de água (devidamente fervida e resfriada) nessa lama e recolho.
É possível que a quantidade de células por volume de lama, no caso do uso da gelatina, seja um pouco menor, mas aí tudo o que seria preciso -- teoricamente -- era propagar por mais tempo ou com mais fases.